宅基地合作协议建设无效的情况下，法院判决有

宅基地合作协议建设无效时，法院判决有效是因协议违法。依据《中华人民共和国合同法》，违反法律规定的合同无效，法院不会支持。合作建房协议本质非法，故判无效。
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对此情况，常见的处理方式为：协商、诉讼。可先尝试与对方协商解除协议并分担损失；若协商无果，再通过诉讼途径确认协议无效。引用《合同法》，违法合同自始无效，可据此主张权利。
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宅基地协议无效处理：1.尝试协商。与对方沟通，说明协议违法性，协商解除并分担损失。2.若协商无果，提起诉讼。依据《合同法》，请求法院确认协议无效。3.根据法院判决，承担相应法律责任，并处理后续事宜。